

در ۱۷ تیر۱۳۷۷ محریاست وقت قوه قضاییه هشت حقوقدان را به مجلس معرفی کرد که از میان محمدرضا علیزاده، محمدرضا عباسی فرد، رضا زواره ای، حسن فاخری، عزت الله یوسفیان ملا، نصیری سواد کوهی، احمد میرزایی و مهریار سه نفر اول به عنوان حقوقدان به عضویت شورای نگهبان درآمدند. یک هفته بعد آیت الله خامنه ای آقایان جنتی، رضوانی و خزعلی را برای یک دوره دیگر به عضویت فقهای شورای نگهبان منصوب کرد.
یک سال بعد در اول مرداد ۱۳۷۸ و با انتصاب هاشمی شاهرودی به ریاست قوه قضائیه، وی از شورا خارج شد تا جای او را، محمد یزدی رئیس پیشین قوه قضائیه بگیرد. چند روز بعد در ۱۲ مرداد همان سال، ابوالقاسم خزعلی و امامی کاشانی دو تن از فقهای شورای نگهبان از سمت خود استعفا دادند و آقایان طاهری خرم آبادی و رضا استادی به جای آنها وارد شورای نگهبان شدند. خزعلی دلیل استعفای خود را دلخوری از انتقادات به عدم ساده زیستی او و خانواده اش اعلام کرده بود.
در ۲۵ تیر ۱۳۸۰ طاهری خرم آبادی از سمت خود در شورای نگهبان استعفا داد تا محمد حسن قدیری به جای وی به عضویت فقهای شورای نگهبان درآید. در همین روز طی حکمی محمد مومن و محمد یزدی مجددا و صادق آملی لاریجانی برای نخستین بار به عنوان فقهای شورای نگهبان منصوب شدند.
شورای نگهبان برای اولین بار در تاریخ خود از ۲۶ تیر ۱۳۸۰ صاحب سخنگو شد و ابراهیم عزیزی (عضو حقوقدان) به عنوان نخستین سخنگوی شورای نگهبان انتخاب شد.
در فاصله تیر و مرداد ۱۳۸۰ اختلافات میان قوه قضائیه، شورای نگهبان و مجلس ششم بالا گرفت. مجلس ششم که در دست مخالفان سیاسی شورای نگهبان قرار داشت تصمیم گرفت تا در برابر معرفی نامزدهای شورای نگهبان مقاومت کند.
قوه قضائیه شش حقوقدان شامل ابراهیم عزیزی، حسین میرمحمد صادقی، عباس کریمی، محسن اسماعیلی، و غلامحسین الهام را به مجلس معرفی کرده بود، اما تنها ابراهیم عزیزی توانست آرا لازم را کسب کند، قوه قضاییه بار دیگر فضل الله موسوی و ابوالفضل الموتیان را به مجلس معرفی کرد اما باز هم هیچ کدام انتخاب نشدند تا این معضل به عنوان اختلاف مجلس و قوه قضائیه از طرف رهبر جمهوری اسلامی به مجمع تشخیص مصلحت نظام واگذار شود، مجمع دوباره از رییس قوه قضائیه خواست چهار نفر دیگر را معرفی کند که قوه قضانیه باز هم همان چهار نفر قبلی را معرفی کرد و مجلس هم دوباره به هیچ کدام رای نداد و تصمیم بر آن شد یک بار دیگر رای گیری شود و در نهایت عباسعلی کدخدایی و محسن اسماعیلی به شورای نگهبان راه یافتند.
در تیر ۱۳۸۲ غلامحسین الهام به عنوان دومین سخنگوی شورای نگهبان معرفی شد. چند ماه بعد در ۲۱ آبان ۱۳۸۲محمد رضا عباسی فرد عضو حقوقدان شورای نگهبان جهت نامزدی در انتخابات مجلس هفتم از سمت خود استعفا داد تا رئیس وقت قوه قضائیه برای جانشینی او فضل الله موسوی و غلامحسین الهام را به مجلس معرفی کند که البته هیچ کدام رای نیاوردند.
در این دوره از شورای نگهبان مجموعا ۱۸ نفر شامل ۱۰ فقیه و ۸ حقوقدان حضور داشته اند.

چهارمین دوره شورای نگهبان همزمان بود با برگزاری انتخابات مجلس خبرگان سوم، مجلس ششم، ریاست جمهوری هشتم و مجلس هفتم. در این دوره همچون سنوات پیشین رد صلاحیتها ادامه داشت به گونهای که از ۳۹۶ نفر نامزد انتخابات مجلس خبرگان صلاحیت ۲۱۴ نفر رد شد. انتخابات مجلس ششم اما علاوه بر رد صلاحیت ۶۹۹ نفر از ۶۸۵۳ کاندیدا، کار به بازشماری آرا و حتی ابطال ۵۳۴ صندوق رای کشیده شد. در هشتمین انتخابات ریاست جمهوری نیز این شورا با رد صلاحیت ۸۰۴ کاندیدای انتخاباتی تنها صلاحیت ۱۰ نفر را برای حضور در رقابت عمومی تایید کرد.
انتخابات هفتمین دوره مجلس با رد صلاحیت ۳۶۱۰ نامزد انتخاباتی از میان ۸۱۶۹ کاندیدا همراه بود. در این دوره از انتخابات، شورای نگهبان صلاحیت نفر از نمایندگان مجلس ششم را رد کرد که این اتفاق منجر به تحصن نمایندگان مجلس شد.

در این دوره واگذاری بیمه به بخش خصوصی غیر قانونی اعلام شد، مصوبه مجلس برای معافیت اعضای بسیج از خدمت وظیفه عمومی تایید شد برای اولین بار لایحه بودجه دولت محمد خاتمی رد شد. در این دوره قانون منع ورود نظامیان و ماموران امنیتی و ضابطان قضایی به دانشگاه ها و بیوت مراجع تقلید رد شد، طرح اجازه حضور وکیل در مراحل دادرسی متهمین رد شد! لایحه جرم سیاسی تصویب نشد. اما شاید مهمترین تصمیمات شورا در این دوره به رد کنوانسیونهای بین المللی حقوق بشری برگردد. کنوانسیونهایی همچون منع شکنجه، رفع تبعیض علیه زنان و حمایت از کودکان.

شورای نگهبان در دوره چهارم خود مجموعا ۱۰ بار اصول مختلف قانون اساسی را تفسیر کرد و در یک مورد به مهدی کروبی رئیس وقت مجلس تذکر داد و در موردی دیگر در نامهای خطاب به دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی اعلام کرد که کسی غیر از این شورا حق تفسیر قانون اساسی را ندارد. ۳ تفسیر از اصل ۱۵۸ قانون اساسی و تفاسیری از اصول ۵۲، ۱۵۷،۴۴،۱۷۰،۵۹،۵۵و ۱۱۲ حاصل این دوره شورای نگهبان بوده است.
