سوم تیر ماه ۱۳۷۱ قوه قضائیه شش نفر شامل آقایان محمدرضا علیزاده ، محمدرضا عباسی فرد، خسرو بیژنی، علی آراد؛ جلال الدین مدنی کرمانی و محمود فهیمی را به مجلس معرفی کرد و پس از رای گیری محمد رضا علیزاده، محمد رضا عباسی فرد و خسرو بیژنی به عنوان حقوقدان شورای نگهبان انتخاب شدند. چند هفته بعد در ۲۶ تیر ماه ۷۱ آیت الله خامنه ای آقایان جنتی، رضوانی و خزعلی را برای یک دوره دیگر به عنوان فقهای شورای نگهبان منصوب کرد.

در یازده اسفند ۱۳۷۳ آیت الله محمد محمدی گیلانی به عنوان رئیس دیوان عالی کشور انتخاب شد و بدین ترتیب از عضویت در شورای نگهبان استعفا داد. از این روز به بعد، احمد جنتی به عنوان دبیر شورای نگهبان کار خود را آغاز کرد. 

یک سال بعد در ۲۴ تیر ۱۳۷۴ آیت الله خامنه ای طی حکمی آقایان شاهرودی، امامی کاشانی و مومن قمی را برای یک دوره دیگر به عنوان فقهای شورای نگهبان منصوب کرد. دو رو بعد در ۲۶ تیر ۱۳۷۴ قوه قضائیه احمد علیزاده، حسن حبیبی، رضا زواره ای، گودرز افتخار جهرمی، حسین مهرپور و حسن فاخری را به مجلس معرفی کرد و سرانجام احمد علیزاده، حسن حبیبی و رضا زواره ای به عنوان حقوقدانان جدید شورای نگهبان انتخاب شدند.

رضا زواره‌اي در تابستان سال ۱۳۷۵ به دليل كانديداتوري در انتخابات رياست جمهوري ۷۶ استعفا داد. رئيس قوه قضائيه اسماعيل فردوسي پور و علی آراد را به مجلس معرفي کرد که با استعفای اسماعیل فردوسی پور از شرکت در رأي‌گيري  علي آراد به عنوان جايگزين زواره‌ای انتخاب شد.

در این دوره از شورای نگهبان مجموعا ۱۵ نفر شامل ۷ فقیه و ۸ حقوقدان حضور داشته اند. 

شورای نگهبان در سومین دوره خود بر انتخابات‌های مجلس پنجم، ریاست جمهوری ششم، ریاست جمهوری هفتم نظارت کرده است. به موجب همین نظارت شورای نگهبان در انتخابات مجلس پنجم از ۵۳۶۵ نامزد انتخاباتی، صلاحیت ۲۰۸۹ را رد کرد. در ۲۱ خرداد ۱۳۷۲ صلاحیت ۱۲۴ نفر از نامزدهای انتخابات ریاست جمهوری ششم را رد کردند تا تنها ۴ نفر (اکبر هاشمی رفسنجانی، احمد توکلی، رجبعلی طاهری و عبدالله جعفرعلی جاسبی) امکان رقابت عمومی را پیدا کنند. رد صلاحیت‌ها در انتخابات ریاست جمهوری هفتم نیز ادامه داشت به گونه‌ای که از ۲۳۸ نامزد انتخاباتی، تنها صلاحیت چهار نفر برای رقابت عمومی تایید شد. 

تحریم اسرائیل و حمایت قضایی از نیروی مقاومت بسیج از مهمترین قوانین تایید شده توسط شورای نگهبان در این دوره بودند. مخالفت با پیوستن دولت جمهوري اسلامي ايران به متن تجديد نظر شده كنوانسيون پاريس و مخالفت با طرح ممنوعيت استعمال دخانيات مصوب مجلس به دلیل افزایش هزینه عمومی کشور و کاهش درآمد عمومی از دیگر تصمیمات جنجالی شورا در این دوره بشمار می‌روند. 

در دوره سوم شورای نگهبان، حداقل در چهار مورد این شورا، به تفسیر اصول ۴،۵۳،۵۲و۵۵ قانون اساسی پرداخته است.

 بر اساس تفسیر اصل چهارم قانون اساسی توسط شورا شورای نگهبان مشخص شد که ۱- مجمع‌ تشخيص‌ مصلحت‌ نظام‌ نمي‌تواند مستقلاً در مواد قانوني‌ مصوبه‌ خود تجديد نظر كند. ۲- تفسير مواد قانوني‌ مصوب‌ مجمع‌ در محدوده‌ تبيين‌ مراد با مجمع‌ است‌. اما اگر مجمع‌ در مقام‌ توسعه‌ و تضييق‌ مصوبه‌ خود باشد مستقلاً نمي‌تواند اقدام‌ نمايد. ۳- مطابق‌ اصل‌ چهارم‌ قانون‌ اساسي‌ مصوبات‌ مجمع‌ تشخيص‌ مصلحت‌ نظام‌ نمي‌تواند خلاف‌ موازين‌ شرع‌ باشد و در مقام‌ تعارض‌ نسبت‌ به‌ اصل‌ قانون‌ اساسي‌ مورد نظر مجلس‌ شوراي‌ اسلامي‌ و شوراي‌ نگهبان‌ (موضوع‌ صدر اصل‌ ۱۱۲) و همچنين‌ نسبت‌ به‌ ساير قوانين‌ و مقررات‌ ديگر كشور مصوبه‌ مجمع‌ تشخيص‌ مصلحت‌ نظام‌ حاكم‌ است.»