از ۱۳۶۵ تا ۱۳۷۱ [۲۲ فریم]
آیت الله خمینی طی حکمی آیت الله جنتي، آيت الله لطف الله صافی گلپایگانی صافي گلپايگاني-آيت الله ابوالقاسم خزعلي را به عنوان فقهای شورای نگهبان انتخاب کرد
دستور آیت الله خمینی برای تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام که وظیفه اصلی آن رسیدگی به موارد اختلافی بین مجلس و شورای نگهبان و تصمیم گیری بر اساس مصلحت نظام جمهوری است
در حالی که آیت الله محمد یزدی موفق به کسب رای از طرف مردم تهران برای راهیابی به مجلس شورای اسلامی نشده بود و تنها دو ماه بعد از اعلام نتایج انتخابات و شکست معنی دار او،اما آیت الله خمینی طی حکمی با توصیفاتی کم نظیر، به عنوان یکی از فقهای شورای نگهبان منصوب کرد.
آیت‌الله محمدی گیلانی در تیرماه سال ۱۳۶۷ و پس از استعفای آیت الله صافی گلپایگانی از شورای نگهبان به عنوان دبیر این نهاد برگزیده شد که این سمت تا مهرماه سال ۱۳۷۱ ادامه داشت
در پنجمین دوره انتخابات ریاست جمهوری از کل ۷۹ نفری که در این انتخابات نامزد شدند ۷۷ نفر از سوی شورای نگهبان ردصلاحیت شدند.شورای نگهبان تنها ۲ نفر یعنی اکبر هاشمی رفسنجانی و عباس شیبانی را مورد تائید قرار داد.
دومین دوره انتخابات مجلس خبرگان در مهر ۱۳۶۹ و پس از به قدرت رسیدن آیت‌الله خامنه‌ای برگزار شد. در این دوره ۱۸۰ نفر ثبت‌نام کردند که ۶۲ نفر آنها رد صلاحیت شدند
با تفسیر جدیدی که شورای نگهبان از مفهوم نظارت بر انتخابات که به عنوان «نظارت استصوابی» ارائه داد ۸۰ نفر از نامزدهای طیف چپ و همسو با مجمع روحانیون مبارز رد صلاحیت شدند.۴۰ نماینده مجلس سوم نیز جزو ردصلاحیت شده ها بودند که در نوع خود اتفاق جدیدی بود.
منابع تایم لاین
در ۲۶ تیر ۱۳۶۵ آیت الله خمینی طی حکمی احمد جنتي، لطف الله صافی گلپایگانی و ابوالقاسم خزعلي را به عنوان فقهای شورای نگهبان انتخاب کرد. شوراي عالي قضايي نیز ۸ نفر را به عنوان حقوقدان به مجلس معرفی کرد که پس از رای گیری آقایان حسين مهرپور، گودرز افتخار جهرمى و محمدرضا عليزاده به عضویت حقوقدانان شورای نگهبان درآمدند.
در۴ تیرماه ۱۳۶۷ آیت الله صافی گلپایگانی در هشتمین سال دبیری شورای نگهبان در اعتراض به اختلافات در انتخابات مجلس سوم و مخالفت با نظرات آیت الله خمینی از عضویت در این شورا کناره گیری کرده و به قم بازگشت. در همین روز محمد یزدی به جای وارد شورا شد. پس از این کناره گیری، آیت الله محمد محمدی گیلانی به مدت ۴ سال دبیری شورا را بر عهده گرفت.
در ۲۵ تیر ۱۳۶۸ قوه قضاییه شش حقوقدان شامل حسن فاخری، حسن حبیبی، احمد علیزاده، حسین شایگان، محمود فهیمی و حسین دادگر را برای عضویت در شورای نگهبان به مجلس معرفی کرد که پس از رای گیری حسن فاخری، حسن حبیبی و احمد علیزاده به عنوان حقوقدان شورای نگهبان انتخاب شدند.
در این دوره از شورای نگهبان مجموعا ۱۵ نفر شامل ۷ فقیه و ۸ حقوقدان حضور داشته‌اند.
دور دوم همراه بود با برگزاری انتخابات‌های مجلس سوم، چهارم، خبرگان رهبری دوم و ریاست جمهوری پنجم. شورای نگهبان در انتخابات مجلس سوم از ۱۰۹۶ کاندیدای مجلس صلاحیت ۲۹۱ را تایید نکرد. در این دوره با بالا گرفتن اختلافات میان وزارت کشور و شورای نگهبان برخی از ناظران این شورای در تهران و به دستور فرمانداری این شهر بازداشت شدند.
رد صلاحیت ۷۷ نفر از میان ۷۹ کاندیدای انتخابات ریاست جمهوری پنجم یکی دیگر از اقدامات جالب توجه شورای نگهبان در این دوره بوده است. ایده نظارت استصوابی در سالهای پایانی این دوره به اجرا درآمد….
تاسیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، موافقت با لایحه رفراندوم، رد حق و حقوق ویژه برای نمایندگان مجلس از مهمترین اقدامات شورا در عرصه قانون گذاری در این دوره به حساب می‌رود.
نامه انتقادی صافی گلپایگانی دبیر شورای نگهبان به آیت الله روح الله خمینی درباره «فتوای او در خصوص حق دولت در تحمیل شرایط بر بخش خصوصی که از امکانات دولت استفاده می‌کنند» که در دی ماه ۱۳۶۶ منتشر شده بود به همین دوره تعلق دارد.
ارائه ۴ تفسیر از اصول ۴،۴۹،۱۶۰ و۹۹ قانون اساسی مهمترین فعالیت شورا در زمینه تفسیر قانون اساسی در این دوره بوده است.
بی تردید تفسیر شورای نگهبان از اصل ۹۹ قانون اساسی در اول اردیبهشت ۱۳۷۰ و اعلام این که نظارت شورای نگهبان در تمامی مراحل انتخابات از نوع «نظارت استصوابی» است، مهمترین، سرنوشت ساز‌ترین و جنجالی‌ترین تفسیر این شورا در طول تاریخ جمهوری اسلامی بوده است.
