پس از بالاگرفتن اختلافات در شمارش آرای تهران در انتخابات مجلس سوم و پس از مداخله مستقیم آیت الله خمینی و دستور او به این شورا مبنی بر تایید نتایج انتخابات، آیت الله صافی گلپایگانی به عنوان دبیر هیات نظارت از عضویت در شورای نگهبان استعفا داد و به قم بازگشت
