شورای نگهبان برای اولین بار لایحه بودجه دولت دوم محمد خاتمی برای سال ۱۳۸۰ که از سوی مجلس ششم تصویب شده بود را مغایر با شرع و قانون اساسی اعلام کرد و اختلافات بین مجلس و شورای نگهبان حل نشد تا کار به ورود مجمع تشخیص مصلحت نظام برسد و در نهایت لایحه بودجه سال ۸۰ توسط مجمع تشخیص مصلحت مورد تصویب قرار گرفت و نظر مجلس ششم تایید شد.
