سعید نمکی با وجود آنکه خود را فرزند نظام سلامت معرفی می کند وی مدعی است «در عمر کاری خود با ۱۲ نفر از وزرای بهداشت، معاونین رئیس جمهور، دستگاه های اطلاعاتی، امنیتی، قضایی، حقوقی و مجلس کار کرد» ولی روشن نیست دقیقا کارش را از کجا شروع کرده و با کدام دستگاه امنیتی-اطلاعاتی و در چه سطحی همکاری داشته است. البته داشتن سابقه اطلاعاتی امری عادی در میان وزرای دولت روحانی است ولی نکته این است که پیش از این به این سابقه اشاره‌ای نشده بود.

مدیرعاملی شرکت داروسازی تولید دارو از جمله اولین پست‌های مدیریتی او بوده است. شرکت تولید دارو از جمله شرکت‌های مصادره شده است که پس از انقلاب به بنیاد ۱۵خرداد واگذار شد. این بنیاد بعدها تمام شرکت‌های خود را به زیر مجموعه شرکت سرمایه گذاری البرز منتقل کرد.

ارتقای سعید نمکی در نظام مدیریتی کشور در دولت حسن روحانی نشان می‌دهد که رابطه نزدیکی با اعضای حزب اعتدال و توسعه از جمله محمد باقر نوبخت و محمود واعظی دارد به طوری که عمده ترین سمت‌های مدیریتی را در دولت روحانی بدست آورده است.

سعید نمکی در سال ۱۳۹۴ با حکم محمد باقر نوبخت، معاون رئیس جمهور و رئیس سازمان مدیریت و برنامه ریزی، به معاونت امور اجتماعی و عمومی این سازمان منصوب شد. او پس از ورود به سازمان مدیریت و برنامه ریزی به دلیل اشرافی که بر قانون بودجه کشور بدست آورد با مدیران مختلفی نشست و برخاست داشت، چراکه به گفته خودش «در چند سال گذشته، بودجه بیش از ۹۰ درصد از کشور را اداره کرده‌ام». همین مراودات سبب ارتقای او در دولت شد، به طوری که در ۱۳ دی ۱۳۹۷ به سرپرستی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی منصوب و یک ماه بعد یعنی در ۱۵ بهمن ۹۷ با رای اعتماد نمایندگان مجلس رسما سکان وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی را عهده دار شد.

نمکی اولین وزیر بهداشت جمهوری اسلامی است که پزشک نیست بلکه از شاخه داروسازی، به نظام سلامت ایران متصل بوده و سکاندار وزارت بهداشت شده است. او پس از قبول وزارت بهداشت، این وزارتخانه را کانون دو فساد مهم و مجموعه‌ای آشفته با معوقات بسیار معرفی کرد. او به نمایندگان مجلس می‌گوید: «در طول سال‌هایی که کار اجرایی کردم، هرگز چنین چیزی ندیدم. اهل ناله و ضجه نیستم، اما امروز می‌گویم مجموعه‌ای آشفته و پر از گرفتاری و با معوقات سنگین را تحویل گرفتم. بیمه تأمین اجتماعی چیزی حدود ۱۷ ماه پول وزارت بهداشت را نداده بود، بیمه سلامت حتی با ۴۰۰ درصد رشد منابع خود، نمی‌توانست از عهده مخارج اش برآید، همزمان هم انبوهی از کارها و وعده‌های ناتمام وجود دارد.»

او هیأت امنای ارزی و سازمان غذا و دارو را دو کانون فساد در وزارت بهداشت معرفی کرده و گفته: «روز اولی که سرپرست وزارت بهداشت شدم به هر دو وادی با علم به پیامدهای آن ورود کردم. عده‌ای از دوستان گفتند که این‌ها این جا و آنجا آدم دارند و من هم گفتم که ما و این ملت هم خدا را داریم. از کجا معلوم که فردا به‌عنوان وزیر معرفی شوم و از کجا معلوم وزیر بهداشت شوم و از کجا معلوم که فردا صبح زنده باشم، آیا فردا نمی‌پرسند که چرا با این موارد برخورد نکردی؟» 

۲۶ تیر ماه ۱۳۹۸ خبری از دستگیری تعدادی از مدیران وزارت بهداشت به اتهام فساد مالی منتشر شد. گفته می شود دستگیرشدگان افرادی هستند که سعید نمکی از آنها به عنوان کانون فساد در این وزارتخانه نام برده بود و اتهام آنها دریافت ارز دولتی برای ورود دارو و تجهیزات پزشکی بوده ولی روشن نیست پول دریافتی را کجا و چگونه هزینه کرده اند.