یکی از بزرگترین چالش‌های زندگی حرفه ای بیژن زنگنه قرارداد «کرسنت» است که در سال ۱۳۸۱ بین وزارت نفت دولت خاتمی به رهبری بیژن زنگنه و شرکت «کرسنت پترولیوم» امارات متحده عربی امضاء شد. براساس مفاد این قرارداد، مقرر شد گازهای میدان نفتی سلمان از مخزن مشترک با ابوظبی به میزان ۵۰۰ میلیون فوت مکعب در روز به این کشور صادر شود. 

از فردای امضای این قرارداد،‌ اما عمر دولت خاتمی و عمر وزارت او رو به پایان بود به همین خاطر اجرای این قرارداد به دولت احمدی نژاد رسید. رستم قاسمی وزیر نفت جدید دولت احمدی نژاد اما چندان میانه خوبی با این قرارداد نداشت و با پذیرش نظر منتقدان و مخالفان از اجرای قرارداد خودداری کرد. او البته معتقد است اساسا وزارت نفت نقشی در این پرونده نداشته و می‌گوید: «کرسنت مشکلات و حاشیه‌هایی داشته که هیچکدام به مسئولان این وزارتخانه، وزیر و هیئت مدیره ارتباطی نداشته است و افراد ذی نفوذ از خارج از وزارت نفت در پرونده کرسنت نقش اساسی ایفا کردند.» دستور محمود احمدی نژاد به وزارت نفت برای بازبینی و اصلاح قرارداد نیز به حل مساله کمک نکرد و این قرارداد هیچگاه از سوی دولت ایران اجرا نشد چرا که آنها معتقد بودند خسارت اجرای قرارداد از خسارت جریمه بیشتر خواهد بود.

شرکت اماراتی طرف قرارداد وزارت نفت ایران در نهایت پرونده‌ای علیه ایران در دادگاه لاهه گشود. رستم قاسمی وزیر نفت دولت اول محمود احمدی نژاد مسئول پیگیری و حل و فصل این پرونده شد ولی در دولت احمدی نژاد این پرونده به جایی نرسید تا دولت بعد، یعنی حسن روحانی و بیژن زنگنه مجدد پیگیر پرونده شوند. بیژن زنگنه در آستانه بازگشت به وزارت نفت، به نمایندگان مجلس قول داد که این پرونده را ۱۵ روزه جمع کند ولی با گذشت شش سال از عمر دولت روحانی، تازه پرونده به مرحله صدور حکم نزدیک شده است. حتی برخی از مقام‌های ایرانی معتقدند حکم اولیه صادر و ایران میلیاردی جریمه شده ولی هنوز چیزی به صورت رسمی اعلام نشده است. گفته می‌شود در این پرونده ایران از ۱۳تا ۵۳ میلیارد دلار جریمه شده است اما زنگنه با قاطعیت این اعداد را رد می‌کند.

روشن نیست متهم اصلی این پرونده بیژن زنگنه است که این قرارداد را امضاء کرده یا دولت محمود احمدی نژاد که از اجرای این پرونده خودداری کرده، اما آنچه روشن است اینکه ایران باید خسارت عدم اجرای قرارداد را پرداخت کند. خسارتی که از جیب ملت ایران پرداخت خواهد شد. زنگنه با ادعای اینکه به علت مفتوح بودن پرونده نمی‌تواند فعلا چیزی بگوید مصلحت نظام را در سکوت دانسته و شکست آن را به بعد از صدور حکم موکول کرده است. شنیدن دفاعیات بیژن زنگنه، امکان داوری بهتری نسبت به شناخت متهم اصلی خواهد داد. او پیش از این گفته بود: «در کرسنت، اصل داستان زیان و ضرری است که با ضعف و ناتوانی مدیریتی به کشور در زمان دو دولت آقای احمدی‌نژاد وارد کردند. ما ۴ سال است تلاش می‌کنیم که این ضرر و زیان را با تدبیر به حداقل برسانیم، نه با شعار دادن. ولی کارهای خلاف زیادی کردند. قرارداد کرسنت، برای صادرات گاز به امارات بوده که این آقایان معتقدند که قیمتش پایین بوده است. خب قیمت پایین. اما طبق قرارداد، شرکت ملی نفت به‌عنوان طرف ایرانی می‌توانست برود و درخواست تجدید نظر در قرارداد بدهد و از نظر قراردادی محق بود.»